يعتبر المتحف الجيولوجي المصري الأول من نوعه في العالم العربي ومنطقة الشرق الأوسط، ولكن كغيره من المتاحف المنسية على أرض مصر ينزوي على كورنيش النيل بالمعادي بعيدا عن الأضواء، ليتجاوز عامه المائة في صمت· ويتبع المتحف الهيئة العامة للمساحة الجيولوجية التي أنشئت سنة ،1896 والتي كان الغرض من إنشائها دراسة كل أنواع الصخور والتربة بالأراضي المصرية والرواسب المعدنية وغيرها مما له قيمة اقتصادية بالأراضي المصرية· وأنشئ المتحف الجيولوجي المصري في عام 1901 كأحد أقسام المساحة الجيولوجية داخل حديقة وزارة الأشغال العمومية بشارع السلطان حسين (شارع الشيخ ريحان حاليا) المتفرع من ميدان التحرير بالقاهرة وافتتح للجمهور في الأول من ديسمبر عام 1904م·
كانت أهم واجبات المتحف تسجيل العينات المختلفة من صخور ومعادن وحفريات وترتيبها وتصنيفها وتنسيقها للعرض بالطرق الفنية وحفظها بالمتحف والعناية بها، وكانت أولى العينات التي عرضت بالمتحف هي العينات التي جمعت من الفيوم لحفريات الحيوانات الفقارية الثديية عام 1898 وأرسلت إلى إنجلترا عام 1899 لتعريفها ودراستها ثم أعيدت إلى مصر، وقد نشرت هذه الدراسة في الجريدة الجيولوجية الإنجليزية·
وكان أول أمين للمتحف هو تشارلز وليم أندروز (1904)، ثم تبعه هنري أوربورن (1906)، بينما كان الدكتور حسن صادق هو أول أمين مصري للمتحف· وفي أثناء الحرب العالمية الثانية تم دفن أغلب العينات المهمة في الرمال كي لا تكون عرضة للتلف إذا ما قصف المكان، وبعد انتهاء الحرب أعيدت العينات للعرض بالمتحف اليولوي·
واستمر المتحف في هذا المكان بمبناه ذو الطراز الفريد كأحد المعالم الحضارية لمدينة القاهرة، ومنذ ذلك الحين وحتى عام 1982 يؤدي دوره الرائع والمتميز لخدمة العلوم والإنسان المصري بصفة خاصة بما قدمه المتحف من عينات وبحوث وخدمات تعليمية متميزة·
وقد احتفل المتحف باليوبيل الماسي عام 1979 حيث صدر طابع بريد تذكاري بهذه المناسبة، لكن تقرر في العام التالي 1980 هدم المبنى نتيجة لإنشاء مترو الأنفاق ونقلت محتويات المتحف إلى موقعه الحالي -المؤقت- بمنطقة أثر النبي على كورنيش النيل·
اكتشف العالم جورج شفينفورث عام 1879 أول عظام متحجرة في بحيرة قارون بالفيوم برواسب العصر الإيوسيني العلوي، وتم تعريفها عام 1894 بواسطة العالم الفرنسي دامس لحفريات فقارية لحيوان مائي من رتبة الحيتان، ومنذ ذلك الحين بدأت بعثات التنقيب عن الحفريات بمنطقة الفيوم شمال بركة قارون حيث تتواجد رواسب الإيوسين والأوليجوسين·
وقد عرضت أول حفرية اكتشفت بالكامل بصالة الحفريات الفقارية بالمتحف الجيولوجي المصري، علاوة على هيكل عظمي كامل لحوت من نفس النوع تم اكتشافه سنة 1901 بواسطة العالم الإنجليزي بيدنل وعرفها العالم الإنجليزي أندروز·
يضم المتحف 6 إدارات وبعض المعامل للحفريات والمعادن، ويعتبر معمل الحفريات -وخاصة الفقارية- من المعامل النادرة والفريدة على مستوى المنطقة العربية؛ حيث يضم مجموعة من المتخصصين الذين يقومون بتجهيز الحفريات على مراحل تستغرق عدة شهور، كما يقومون بتنظيف العينة ثم تدعيمها بمواد حافظة مناسبة، ثم ترميمها واستكمال ما هو مفقود منها -إن وجد- ثم تجهيزها بمواد أخرى لتناسب العرض أو الدراسة·
كذلك يقوم المعمل بعمل نماذج جبسية أو بلاستيكية لبعض الحفريات النادرة التي لا يمكن تداولها حتى يستطيع الدارسون الاطلاع على تفاصيل الحفرية بسهولة مع الحفاظ على الحفرية الأصلية النادرة·
ويقوم معمل الصخور والمعادن بتجهيز الصخور الشهيرة وتقطيعها وتعريفها وعمل مجموعات منها للمدارس وكذلك الدارسين؛ وذلك للمساعدة في الوسائل التعليمية والثقافية بالنسبة لزوار المتحف·
ويقوم معمل الحفريات اللافقارية بتنظيف العينة لإزالة الصخور العالقة باستخدام بعض المواد الكيميائية لتصبح العينة معدة للدراسة والتعريف، ويشارك معمل الحفريات الفقارية في عمل النماذج المصنعة للحفريات اللافقارية النادرة·
توزع المقتنيات بصالات العرض بالمتحف، حيث تنقسم هذه الصالة إلى 3 صالات رئيسية تعرض بها مقتنيات المتحف بأحدث الطرق العلمية وتشرف عليها مجموعة متميزة من الجيولوجيين الأكفاء هي: صالة عرض المعادن والصخور،وتعرض فيها مجموعة كبيرة ومتميزة من المعادن والخامات المعدنية بمصر مرتبة ومصنفة وفقا لأحدث التقسيمات، ومن المعروضات بالصالة مجموعة من الأحجار الكريمة ومجموعة من الكهرمان والأصداف المشغولة والخاصة بالأسرة الملكية السابقة ومجموعات مهداة من الياقوت والسافير الطبيعي والصناعي· كما تضم الصالة عينات تمثل أنواع الصخور بأقسامها الثلاثة (النارية- المتحولة- الرسوبية) والتي تم تصنيفها كل على حدة· وصالة الحفريات الفقارية، وتعرض فيها الحفريات الفقارية التي عاشت في الأزمنة الجيولوجية المختلفة، ومن أبرزها مجموعة من حفريات الحيوانات الفقارية التي تتميز بها منطقة الفيوم، الى جانب صالة الحفريات اللافقارية، وتتضمن الحفريات اللافقارية بقايا لكائنات حيوانية أو نباتية كانت تعيش في العصور الجيولوجية المختلفة، كما تضم الصالة مجموعة من المعروضات القيمة·
وقد أعدت الإدارة العامة للمتحف الجيولوجي الخطط الكفيلة بتطويره تطويرا يتناسب وظروف ومساحة المتحف الحالية، علاوة على الخطة الشاملة للتطوير بعد افتتاح المبنى الجديد للمتحف، وقد بدأ فعلا تنفيذ هذه الخطط منذ مارس 2002م·
